記事執筆者：認定SEOコンサルタント 三田健司
「勤怠や受注の管理を社内システムにしたいけれど、いくらかかるのか見当がつきません」「見積りを取ったら数百万円と言われ、そこで話が止まってしまいました」。アプリ開発のご相談をいただく中で、こうした声をよく聞きます。
社内システムの費用は、作り方と範囲の決め方で何倍も変わります。最初から全部を作ろうとすると高くなりやすく、逆に小さく始めれば、試しながら必要な分だけにお金をかけることができます。
この記事では、社内システムを手に入れる4つの方法と費用の考え方、見積りの読み方、小さく始める具体的な手順、開発後にかかる費用、補助金と税金の注意点までを、発注する側の目線で整理します。
筆者は全日本SEO協会認定SEOコンサルタントとして、Web制作に10年以上携わり、延べ1,000件以上のご相談に対応してきました。現在は中小企業の業務アプリ開発もお手伝いしており、その中で見えてきた「費用がふくらむ会社」と「小さく始めて育てる会社」の違いも交えてお伝えします。
社内システムの開発費用が読みにくい理由
まずは、なぜ社内システムの費用は「相場はいくら」と一言で答えにくいのかを確認しておきましょう。理由がわかると、見積りの比べ方も見えてきます。
同じ「社内システム」でも中身がまったく違う
社内システムとひとことで言っても、勤怠管理、顧客管理、在庫管理、受発注、日報、見積書の作成など、対象になる業務はさまざまです。画面が3枚で済むものもあれば、会計ソフトや通販サイトとつながる大がかりなものもあります。
費用を左右するのは「何を作るか」よりも、「どこまでを作るか」です。同じ在庫管理でも、入出庫を記録するだけなのか、発注や請求まで自動でつなぐのかで、開発の量は何倍も変わります。
中小企業はDXの「予算」と「人」に悩んでいる
中小企業基盤整備機構（中小機構）が2026年2月に公表した「中小企業のDX推進に関する調査（2025年）」では、DXに取り組んでいる・検討している企業は39.1%でした。課題としては「ITに関わる人材の不足」が28.3%、「予算の確保の難しさ」が26.0%と、人と予算にかかわる項目が上位に並んでいます。
費用の見通しが立たないことと、社内に判断できる人がいないことは、セットで起きやすい悩みです。だからこそ、最初に費用の考え方を知っておくことが大切です。
費用は「人の作業時間」でほぼ決まる
受託開発の費用の大部分は、設計・開発・テストにかかる人の作業時間です。業界では「人月（にんげつ）」という、1人が1か月働く量を単位にして見積もるのが一般的です。
日本情報システム・ユーザー協会（JUAS）の「ソフトウェア・メトリクス調査2025」（2025年4月発行）によると、スクラッチ開発の1人月あたりの外注単価は約96万円でした（開発費用の総額から見た全体の目安は約127万円）。大規模なシステムを含む調査なので中小企業の案件にそのまま当てはまるわけではありませんが、「作業量×単価」で費用が決まるという構造は同じです。
社内システムを手に入れる4つの方法と費用の目安
社内システムは、必ずしも一から作る必要はありません。手に入れ方は大きく4つに分かれ、それぞれ費用のかかり方が違います。
既製のクラウドサービス（SaaS）を使う
勤怠管理や経費精算、顧客管理などは、月額料金で使えるクラウドサービスが数多くあります。初期費用が小さく、契約したその日から使い始められるのが利点です。
一方で、自社のやり方に合わない部分は、業務の方をサービスに合わせる必要があります。利用人数に応じて毎月の料金がかかり続けるため、5年使った場合の合計額で比べるのがおすすめです。
ノーコードの業務アプリ基盤で作る
プログラムを書かずに業務アプリを組み立てられるサービスもあります。たとえばサイボウズの「kintone」は、2026年11月時点の公式料金でスタンダードコースが1ユーザー月額1,800円（税抜）、最低契約は10ユーザーからです。
なお、kintoneは2024年秋に料金を改定し（新規契約は10月、既存契約は11月利用分から）、最低契約数も5ユーザーから10ユーザーに増えました。月額のサービスは料金が変わることがあるため、契約前に必ず公式サイトで最新の料金を確認してください。
パッケージを導入して一部を自社向けに直す
販売管理や生産管理などの業種向けパッケージソフトを買い、足りない部分だけを追加開発する方法です。基本の機能は最初からそろっているので、ゼロから作るより期間を短くできます。
ただし、追加開発が増えるほど費用は上がり、パッケージの更新時に追加部分の手直しが必要になることもあります。追加開発の範囲を最小限にできるかどうかが、この方法を選ぶ判断の分かれ目です。
一から作る（スクラッチ開発）
自社の業務に合わせて一から作る方法で、自由度が最も高い反面、費用と期間もかかります。小さな業務アプリなら数十万円台から、複数の部署や外部システムとつながるものでは数百万円以上になることも珍しくありません。
独自のやり方が会社の強みになっている業務や、既製品ではどうしても合わない業務に向いています。料金の目安とシミュレーターは、アプリ開発のページで公開しています。
4つの方法の選び方の目安
迷ったときは「業務が業界の一般的なやり方に近いか」「使う人数は何人か」「自社のやり方が強みになっているか」の3点で考えると整理しやすくなります。一般的なやり方に近ければクラウドサービス、少人数で項目を自由に変えたいならノーコード、業界特有の業務ならパッケージが候補になります。
独自のやり方そのものが会社の強みになっている業務にだけ、一から作る費用をかける価値があります。すべてを一から作る必要はなく、方法を組み合わせるのも現実的な選択です。
費用を決める要素と見積りの読み方
見積書を受け取ったときに、どこを見れば金額の妥当性がわかるのかを整理します。項目の意味がわかれば、複数社の見積りも比べやすくなります。
機能の数と画面の数
費用に最も直結するのは、作る機能と画面の数です。登録・一覧・検索・編集・削除という基本の操作だけでも、対象のデータが増えるたびに作業が増えていきます。
見積りでは、機能ごとの内訳が書かれているかを確認してください。「一式」とだけ書かれている見積りは、あとで「それは含まれていません」と言われる原因になりがちです。
使う人の数・権限・つなぐ先
社長だけが見る画面、営業だけが入力できる画面など、人によって見せる範囲を変える「権限」の設定は、意外に手間がかかります。会計ソフトや通販サイト、既存のExcelとデータをやり取りする「連携」も、相手の仕様しだいで費用が大きく変わります。
連携は、相手のサービスが変わると修正が必要になる部分でもあります。見積りの段階で「どことつなぐのか」をすべて書き出しておくと、あとからの追加費用をかなり防げます。
データ移行・テスト・教育を忘れない
今あるExcelや紙の台帳のデータを新しいシステムに移す作業は、見積りから抜けやすい項目です。データの形がそろっていないと、整える作業だけで何日もかかることがあります。
テストや社員向けの説明会、操作マニュアルの作成も、費用に含まれているかを確認しましょう。見積書の項目の読み方は、別の記事で詳しくまとめています。
期間の目安も費用と一緒に考える
開発期間は作業量とともに長くなります。JUASの同じ調査では、標準的な工期を「3.23×人月の3乗根」という式で示しており、たとえば8人月の開発なら約6.5か月になります。
実際には、50人月未満の小さめの案件でも56%が標準工期を超えていました。急ぎの案件ほど、最初に作る範囲を絞ることが現実的な対策になります。
小さく始める方法｜最初の一歩の絞り方
ここからが、この記事でいちばんお伝えしたいところです。社内システムの費用を抑えつつ失敗を防ぐには、最初に作る範囲を小さく絞ることが効果的です。
困っている業務を1つだけ選ぶ
最初の対象は「一番手間がかかっている業務」か「ミスが起きると困る業務」から1つだけ選びます。全社の業務をまとめてシステム化しようとすると、要望がふくらみ、決めることも増えて進まなくなります。
「この業務の、この作業がなくなれば十分」と言えるところまで絞ると、最初の費用と期間を大きく抑えられます。たとえば受注管理なら、まずは受注の入力と一覧だけを作り、請求書の発行は次の段階に回す、といった分け方です。
最小限の機能で試してみる
最初は、業務が回る最低限の機能だけを作って実際に使ってみます。使ってみると「この項目はいらなかった」「ここは手入力の方が早い」といった発見が必ず出てきます。
紙やExcelとしばらく並行して使い、困りごとが出たら直していくと、現場の不満も少なく済みます。はじめから完璧な仕様書を作ろうとするより、結果的に早く、安くまとまることが多いです。
段階ごとに費用を区切って発注する
発注も「第1段階は入力と一覧まで」「第2段階で集計と出力」というように、段階ごとに区切ると判断しやすくなります。1段階が終わるごとに、続けるかどうか、次に何を作るかを決められます。
一度に大きな金額を払うより、効果を確かめながら投資できるのが利点です。開発会社を選ぶときは、こうした段階的な進め方に対応してくれるかも確認しておきましょう。
Excelや既製品で代わりがきかないかを先に試す
作る前に、Excelの工夫や既製のクラウドサービスで解決できないかを一度試してみるのも大切です。試した結果「ここだけはどうしても合わない」とわかれば、その部分が自社で作る価値のある部分です。
筆者がご相談を受ける中でも、既製品を試した経験がある会社ほど、要望がはっきりしていて見積りの精度も高くなります。Excel業務からの移り方は、別の記事で手順をまとめています。
開発後にかかる費用を見落とさない
社内システムは、作って終わりではありません。使い続けるための費用も、最初の予算に含めて考えておく必要があります。
サーバー・クラウドの利用料
システムを動かすサーバーやクラウドサービスには、毎月または毎年の利用料がかかります。2026年版の中小企業白書でも、中小企業の情報処理・通信費の増加の内訳として、クラウドサービスの使用料が増えていることが示されています。
利用者やデータの量が増えると、料金が上がるサービスもあります。見積りを取るときは、初期費用だけでなく月々の費用の目安も出してもらいましょう。
保守と不具合対応の費用
動作の監視、不具合の修正、部品にあたるソフトの更新など、システムを安全に使い続けるための保守費用もかかります。保守の範囲と月額、対応時間を契約前に決めておくと、トラブルのときに慌てずに済みます。
初期費用が安く見えても、保守費用を含めた5年間の合計で比べると順位が入れ替わることがあります。保守費用の内訳は、別の記事で詳しく解説しています。
改修と使い方の定着にかかる費用
実際に使い始めると、項目の追加や画面の手直しなど、小さな改修の要望が出てきます。あらかじめ年間の改修予算を少し見込んでおくと、現場の声にすばやく応えられます。
社員が使い方に慣れるまでの時間も、見えにくいコストです。操作の説明会や、困ったときに聞ける窓口を用意しておくと、システムが使われないまま終わる事態を防げます。
費用を比べるときは「5年間の合計」で見る
方法ごとの費用を比べるときは、初期費用、毎月の利用料、保守費用、改修費用を5年分足し合わせた金額で比べるのがおすすめです。5年という期間は、自社で使うソフトウェアの耐用年数とも重なるため、社内で予算を説明するときにも使いやすい目安です。
月額料金の小さなサービスも、人数と年数をかけ合わせると、一からの開発と変わらない金額になることがあります。逆に、一から作ったシステムでも保守の範囲を絞れば、5年間の合計を抑えられる場合があります。
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補助金と税金の扱いで知っておきたいこと
社内システムの費用を考えるとき、補助金や税金の扱いもよく質問されます。ここでは、誤解されやすい点に絞って整理します。
デジタル化・AI導入補助金はオーダーメイド開発に使いにくい
「IT導入補助金」は、令和7年度補正予算の事業から「デジタル化・AI導入補助金」という名前に変わりました。この補助金で対象になるのは、事前に事務局に登録されたソフトウェアやクラウドサービスです。
2026年10月29日更新の「ITツール登録要領」では、製品が完成しておらずスクラッチ開発を伴うソフトウェアや、特定の顧客向けに限られ一般に販売されていないものは、登録の対象外とされています。自社専用に一から作るシステムの開発費は、原則としてこの補助金では賄えないと考えておきましょう。
補助金のスケジュールは早めに確認する
デジタル化・AI導入補助金2026の通常枠は、補助率が原則2分の1、補助額は導入する業務の範囲に応じて5万円から450万円までです。事務局は2026年10月30日のお知らせで、交付申請の最終締切を2027年1月7日17時と案内しています（2027年1月に始まるレジ類型などは別扱い）。
補助金は、交付決定の前に契約や発注をした費用が対象外になるのが一般的です。使えそうな制度がある場合は、開発会社に相談する前の段階で要件を確認してください。
自社で使うソフトウェアは5年で費用にする
国税庁のタックスアンサーによると、ソフトウェアは無形固定資産にあたり、複写して販売する原本や研究開発用を除く、自社で使うものの耐用年数は5年です。導入時の設定作業や、自社の仕様に合わせるための付随的な修正作業の費用も、取得価額に含めます。
中小企業者等の少額減価償却資産の特例は、令和8年4月1日以後に取得したものから40万円未満が対象になり（年間合計300万円まで）、対象は従業員400人以下の青色申告法人などに見直されています。実際の会計処理は会社の状況によって変わるため、具体的な扱いは必ず税理士にご相談ください。
失敗しないための発注前チェック
最後に、社内システムを発注する前に確認しておきたい点をまとめます。費用の話と同じくらい、ここで差がつきます。
社内の担当者と決める人をはっきりさせる
開発中には、画面の確認や仕様の判断など、社内で決めることがたくさん出てきます。担当者が日々の業務で手一杯だと返事が遅れ、期間も費用も延びていきます。
最終的に「これでいく」と決められる人を1人決めておくと、話が止まりません。社長が決める場合も、現場の担当者を必ず打ち合わせに入れておきましょう。
セキュリティと持ち主の確認
社内システムには、顧客情報や取引の情報が入ります。IPAが2026年3月に公開した「中小企業の情報セキュリティ対策ガイドライン」第4.0版には、クラウドサービスを安全に使うための手引きも付録として収められています。
また、完成したプログラムの著作権やデータの持ち主が誰になるのかも、契約で確認しておくべき点です。開発会社を変えたくなったときに困らないよう、契約書の中身は事前に読み合わせておきましょう。
要望書はA4で1〜2枚あれば十分
見積りを依頼するときは、立派な仕様書でなくてもかまいません。「今の業務の流れ」「困っていること」「最初に作りたい範囲」「使う人数」「つなぎたいソフト」「予算と希望時期」の6点をA4で1〜2枚にまとめるだけで、見積りの精度は大きく上がります。
同じ要望書を複数の会社に渡せば、条件のそろった見積りで比べられます。手書きのメモや、今使っているExcelの画面を添えるだけでも、開発会社には十分伝わります。
費用は「削る」より「後に回す」で考える
見積りが予算を超えたとき、機能を雑に削ると、肝心の業務が回らなくなることがあります。削るのではなく「第2段階に回す」と考えると、全体の計画を崩さずに予算内に収めやすくなります。
どれを先に作るかは、使う人の手間がどれだけ減るかで決めるのがおすすめです。迷ったときは、現場の担当者に「これがなかったら一番困るのはどれか」を聞いてみてください。
よくある質問（FAQ）
社内システムは最低いくらから作れますか？
作る範囲によりますが、機能を1つの業務に絞った小さな業務アプリであれば、数十万円台から検討できるケースもあります。一方で、複数の部署や外部サービスとつなぐ場合は、数百万円以上になることも珍しくありません。
正確な金額は、作りたい機能と使う人数、つなぐ先が決まって初めて出せます。まずは対象の業務を1つに絞って見積りを取ることをおすすめします。
クラウドサービスと自社開発、どちらが安いですか？
初期費用だけを見ればクラウドサービスの方が安いことが多いですが、利用人数が多いと月額の合計がふくらみます。自社開発は初期費用がかかる代わりに、人数が増えても料金が大きく変わらないことがあります。
5年間の合計費用と、自社のやり方に合うかどうかの両方で比べるのが確実です。どちらか迷う場合は、まず既製品を試してから判断しても遅くありません。
開発にはどれくらいの期間がかかりますか？
小さな業務アプリなら2〜3か月程度、範囲が広いものでは半年以上かかることもあります。社内での確認や判断にかかる時間も、期間に大きく影響します。
期間を確約することはできませんが、最初に作る範囲を絞れば、それだけ早く使い始められます。
補助金を使って社内システムを作れますか？
自社専用に一から作るシステムは、デジタル化・AI導入補助金のITツール登録の対象外とされているため、原則として使えません。登録済みのクラウドサービスやパッケージを導入する場合は、対象になる可能性があります。
ほかの補助金で対象になる場合もありますが、要件は制度ごとに違います。申請を考える場合は、公募要領を確認したうえで、専門家にもご相談ください。
見積りが高いと感じたらどうすればよいですか？
まずは見積りの内訳を確認し、どの機能に費用がかかっているかを開発会社に聞いてみてください。そのうえで、急がない機能を第2段階に回せないかを相談すると、予算内に収まることがあります。
複数の会社から見積りを取る場合は、同じ要望書を渡して比べることが大切です。条件がそろっていないと、金額だけを比べても判断を誤ります。
まとめ｜社内システムは「小さく作って育てる」
社内システムの開発費用は、何をどこまで作るかと、どの方法で手に入れるかで大きく変わります。既製のクラウドサービス、ノーコードの基盤、パッケージの手直し、一からの開発には、それぞれ向き不向きがあります。
費用を抑えて失敗を防ぐには、困っている業務を1つに絞り、最小限の機能で試してから段階的に広げるのが近道です。初期費用だけでなく、保守やクラウドの利用料を含めた5年間の合計で比べることも忘れないでください。
補助金は自社専用の開発には使いにくく、ソフトウェアは原則5年で費用にしていくなど、お金の面での注意点もあります。税金の扱いは税理士に、補助金は公募要領と専門家に確認しながら進めましょう。
今日からできることとして、まずは「一番手間がかかっている業務」を1つ選び、その作業の流れを紙に書き出してみてください。それが、見積りを取るときの一番の資料になります。
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記事執筆・株式会社アクセス・リンク 代表取締役
Webサイト制作歴10年以上の経験を元にSEOコンサルティングを行い、延べ1,000件以上のサポート実績を誇ります。個人事業主や中小企業向けのホームページ制作やSEOコンサルティングを得意としています。
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