記事執筆者：認定SEOコンサルタント 三田健司
「アプリを作りたいのですが、補助金は使えますか」「IT導入補助金でアプリ開発費が出ると聞いたのですが本当ですか」。アプリ開発のご相談をいただくと、最初の打ち合わせでこうした質問を受けることがよくあります。
結論からお伝えすると、アプリ開発に使える補助金はあります。ただし制度ごとに「自社専用に作るアプリ（受託開発）」の扱いがまったく違い、名前がよく知られている制度ほど対象外だったりします。
この記事では、2026年10月時点で公開されている公募要領をもとに、アプリ開発費が対象になる制度・ならない制度を整理します。あわせて、申請前に必ず知っておきたい「交付決定前に発注してはいけない」などの共通ルールと、補助金ありきで失敗しない進め方も解説します。
筆者は全日本SEO協会認定SEOコンサルタントとして、Web制作とSEOに10年以上携わり、延べ1,000件以上のご相談に対応してきました。
補助金の書類作成を代行する立場ではありませんが、開発を依頼される側として、見積書や事業計画の相談に乗る機会は少なくありません。その経験も交えてお伝えします。
アプリ開発に補助金は使える？最初に押さえる3つの前提
制度の名前を見ていく前に、補助金とアプリ開発の相性を左右する前提を3つ確認しておきましょう。ここを押さえておくと、どの制度が自社に合うかの見当が早くつきます。
「受託開発」と「既製品の導入」は別物として扱われる
アプリを手に入れる方法は、大きく分けて2つあります。ひとつは開発会社に自社専用のアプリを一から作ってもらう「受託開発（スクラッチ開発）」、もうひとつは予約システムや在庫管理ソフトのような、すでに販売されている製品を契約して使う方法です。
補助金の世界では、この2つがはっきり区別されています。
同じ「アプリを入れる」でも、受託開発か既製品の導入かで、使える制度ががらりと変わります。見積りを取る前に、自社がどちらを考えているのかを決めておくことが大切です。
補助金は「アプリを作るため」ではなく「事業のため」に出る
補助金は、アプリそのものにお金を出す制度ではありません。販路を広げる、人手不足を省力化で補う、新しい事業に挑戦するといった「事業の目的」があり、その手段としてアプリやシステムの費用が認められる、という順番です。
そのため申請書には、アプリで何を変えるのか、どれだけ効果が出るのかを書く必要があります。「アプリがほしいから補助金を探す」のではなく、「この事業計画にアプリが必要だから補助金を使う」という組み立てにすると、制度選びも書類作りもぶれにくくなります。
原則は後払い、交付決定前の発注は対象外
多くの補助金は、事業が終わってから実績を報告し、検査を受けたうえで支払われる後払いの仕組みです。開発費はいったん全額を自社で立て替える必要があるため、資金繰りの計画も欠かせません。
さらに、今回取り上げる制度はいずれも、交付決定より前に発注・契約・支払いをした経費を対象外としています。「先に開発を始めておいて、あとから補助金を申請する」という順番は通用しないので注意してください。
デジタル化・AI導入補助金は「受託開発」が対象外
中小企業のIT化で最もよく知られているのが、旧IT導入補助金です。
令和7年度補正予算の事業から「デジタル化・AI導入補助金」に名前が変わりました。名前に「デジタル化」と入っているため、アプリ開発にも使えると考える方が多いのですが、ここには大きな注意点があります。
対象は「登録されたITツール」だけ
この補助金で費用の対象になるのは、事前に事務局へ登録されたITツール（ソフトウェアやクラウドサービス）と、その導入に関わる費用です。申請も、ITツールを登録した「IT導入支援事業者」と一緒に進める仕組みになっています。
つまり、補助金の対象になるかどうかは「どんなアプリか」ではなく「登録された製品かどうか」で決まります。ここが、ほかの補助金と大きく違う点です。
スクラッチ開発や特定の会社向けの製品は登録できない
2026年版のITツール登録要領には、登録の対象外となるものとして、製品が完成しておらずスクラッチ開発を伴うソフトウェアや、特定の顧客向けに限定され一般の市場で販売されていないものが明記されています。業務の流れに影響するほどの大幅なカスタマイズが必要なものも対象外です。
つまり、開発会社に自社専用のアプリを一から作ってもらう費用は、デジタル化・AI導入補助金の対象になりません。通常枠の公募要領にも、顧客向けの画面を新しく制作する費用はスクラッチ開発に当たるため対象外である、という趣旨の記載があります。
既製のアプリやクラウドサービスなら対象になりうる
一方で、予約管理や受発注、勤怠管理などのクラウドサービスのうち、ITツールとして登録されているものを導入する場合は対象になりえます。通常枠の補助額は、業務プロセスの数に応じて5万円以上150万円未満、または150万円以上450万円以下です。
補助率は原則2分の1で、地域別最低賃金未満で雇用している従業員が一定期間30％以上いるなどの条件を満たす場合は3分の2に上がります。150万円以上を申請する場合は、1人当たり給与支給総額を年平均3％以上増やすなどの賃上げ要件が付き、達成できないと返還を求められることがあります。
次の締切と、向いているケース
公式サイトのスケジュールでは、6次締切が2026年10月30日（金）17時、交付決定は12月10日の予定となっています。7次以降の日程は公式には「確定次第更新」とされているので、必ず事務局のサイトで最新の情報を確認してください。
自社の業務に合う既製品がすでにあるなら、この補助金で導入費用を抑えるのが合理的です。逆に「既製品では業務に合わないから作りたい」という場合は、次に紹介する制度を検討することになります。
小規模事業者持続化補助金でアプリ開発費を計上する
従業員の少ない会社や個人事業主にとって身近なのが、小規模事業者持続化補助金です。販路開拓などの取り組みにかかる経費を補助する制度で、アプリやシステムの開発費も条件付きで認められています。
アプリ開発は「ウェブサイト関連費」に入る
第20回公募の公募要領（一般型 通常枠、2026年7月21日改訂の第8版）では、ウェブサイトやECサイト、システムの開発・構築・改修などにかかる経費を「ウェブサイト関連費」としてまとめています。対象の例として、アプリケーション開発や顧客管理システムの構築が明記されています。
開発を外部に委託する場合も、委託・外注費ではなくこのウェブサイト関連費で計上する決まりです。費目を間違えると、審査や実績報告の段階で手戻りが起きるので注意してください。
ウェブサイト関連費だけでは申請できない
この費目には、ウェブサイト関連費だけでは申請できないことと、この費目で申請できる補助金額は30万円（税込）までという2つの制限があります。チラシや展示会、店舗の改装など、ほかの販路開拓の取り組みと組み合わせた計画にする必要があります。
また、販売を目的としたシステムやソフトウェアの開発は対象外です。自社のお客様に使ってもらう予約アプリや会員アプリは対象になりえますが、アプリそのものを商品として売る計画には使えません。
補助上限と補助率、日程
通常枠の補助上限は50万円で、インボイス特例や賃金引上げ特例を満たすと上乗せがあります。補助率は原則3分の2です。
第20回の申請受付は2026年11月5日から始まり、締切は12月15日（火）17時です。申請には商工会・商工会議所が発行する事業支援計画書（様式4）が必要で、その発行受付は12月4日までと先に締め切られるため、早めに地域の商工会・商工会議所へ相談しておきましょう。
小さく始めるアプリと相性がよい
ウェブサイト関連費の補助額は最大30万円なので、大がかりなアプリ開発の主な財源にはなりません。一方で、既存のホームページに予約機能を足す、来店客向けの簡単なWebアプリを作るといった小さな取り組みであれば、販路開拓の計画の一部として組み込みやすい制度です。
なお、税抜50万円以上のウェブサイトやシステムは処分制限財産に当たり、一定期間は勝手に廃止・転用できないなどの制約があります。公開後の運用まで含めて計画しておくと安心です。
中小企業省力化投資補助金（一般型）とオーダーメイドのシステム
人手不足に悩む会社がアプリやシステムで業務を効率化したい場合に、候補になるのが中小企業省力化投資補助金の一般型です。カタログから製品を選ぶ「カタログ注文型」とは別に、自社の業務に合わせた設備やシステムを導入するための枠として用意されています。
オーダーメイドのシステム構築が対象になる
一般型の公募要領では、オーダーメイド性のある設備やシステムを導入でき、ハードウェアとソフトウェアを自由に組み合わせられると説明されています。ここでいうオーダーメイドとは、SIer（システムの設計・構築を請け負う事業者）などと連携し、個々の業務に合わせて専用に設計したものを指します。
自社の業務に合わせて作るアプリやシステムを、対象として明確に位置づけている点が、この制度の大きな特徴です。反対に、汎用的な設備やパッケージソフトを単体で入れるだけの計画は対象外とされています。
補助上限と補助率
補助上限は従業員数に応じて決まり、5人以下で750万円、6〜20人で1,500万円、21〜50人で3,000万円などとなっています。大幅な賃上げに取り組む場合は上限が引き上げられます。
補助率は中小企業が2分の1（最低賃金引上げの特例で3分の2）、小規模事業者が3分の2です。経費は「機械装置・システム構築費」が必須で、それ以外の経費は合計500万円までという決まりがあります。
「省力化の効果」を数字で示す必要がある
この補助金で問われるのは、導入によってどれだけ作業時間や人手を減らせるかです。たとえば、紙の日報をアプリに置き換えて集計の手間を減らす、受注の電話をアプリに切り替えて転記作業をなくすといった計画は、効果を数字で説明しやすい例です。
開発会社に相談するときも、「どの作業が何時間減るのか」を一緒に洗い出しておくと、申請書の根拠になります。見積書の内訳と省力化の効果の説明がかみ合っていることが、計画の説得力につながります。
なお、事業の主たる課題の解決そのものを他者へ外注・委託する事業は対象外とされています。開発は外部に依頼しても、業務の見直しや運用は自社が主体となって進める計画にしましょう。
第8回の締切は10月16日
第8回公募の締切は2026年10月16日（金）17時で、この記事の公開時点ではすでに目前です。第9回の日程は公式サイトで未定とされているため、今から準備する場合は次回の公募を見すえて計画を固めておくのが現実的です。
新事業進出・ものづくり商業サービス補助金
新しい製品やサービスに挑戦する規模の大きな計画では、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金も候補になります。これまで別々だった新事業進出補助金とものづくり補助金が統合された制度で、2026年6月29日に第1回の公募が始まりました。
システム構築費として計上できる
公募要領では、専用ソフトウェアや情報システムの購入・構築・借用が「機械装置・システム構築費」に含まれています。システムの製作を外部に委託する場合も、外注費ではなくこの費目に計上すると定められています。
革新的新製品・サービス枠では、この機械装置・システム構築費が必須の経費です。アプリを使った新しいサービスを始める計画であれば、開発費を計上しやすい制度といえます。
ただし公募要領では、補助事業の主な内容そのものを他者へ外注・委託し、自社は企画だけを行う事業は対象外とされています。開発会社に任せきりにせず、事業の主体は自社であることを計画で示す必要があります。
規模の目安と補助率
革新的新製品・サービス枠の補助上限は従業員規模に応じて750万〜2,500万円で、下限は100万円です。補助率は中小企業が2分の1、小規模事業者が3分の2で、特例による上乗せもあります。
もうひとつの新事業進出枠は、補助額の下限が750万円と大きく、既存事業とは異なる市場に打って出るような計画が前提です。アプリ開発だけを目的に選ぶ制度ではないと考えておきましょう。
受付は10月30日18時まで
ミラサポplusの案内によると、第1回の受付期間は変更され、2026年9月30日から10月30日（金）18時までとなっています。初版（1.0版）の公募要領の表紙は変更前の日程のままなので、最新の日程は公式の案内と改訂版の公募要領で確認してください。
採択されても交付決定額が減額されたり、一部の経費が対象外になったりすることがあると、公募要領にも明記されています。採択を前提に開発の規模を決めず、減額された場合の進め方も考えておくことが大切です。
事業再構築補助金は新規の公募を終了
以前はアプリを使った新事業で事業再構築補助金を検討する会社も多くありました。
現在、公式サイトには公募は終了している旨が掲載されています。古い解説記事を見て準備を始めないよう注意してください。
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自治体の補助金も確認する｜宇都宮市の例
国の制度だけでなく、都道府県や市町村が独自に用意している補助金もあります。金額は小さめですが、要件が分かりやすく、受付期間が長いものもあるため、地元の制度は必ず確認しておきましょう。
宇都宮市ICT利活用促進補助金
当社のある栃木県では、たとえば宇都宮市が「ICT利活用促進助成制度」として、市内の小規模事業者向けにICTツールの導入経費を補助しています。令和8年度は補助率3分の1、上限30万円で、受付は2027年1月末まで（予算がなくなり次第終了）です。
対象は、卸売・小売・サービス業なら常用従業員5人以下、製造業・宿泊業・娯楽業なら20人以下といった小規模事業者です。商工会議所や商工会の支援を受けて経営計画を作ることが条件になっており、相談は2026年12月までとされています。
受託開発が対象になるかは窓口で確認する
市の案内では、対象経費の例としてPOSレジ、パッケージソフト、ホームページの開設などが挙げられています。一方で、自社専用のアプリを受託開発する費用が対象になるかどうかは、案内の範囲では明記されていません。
自治体の補助金は、例示にない経費が対象になるかを自己判断せず、申請前に担当窓口へ確認するのが鉄則です。問い合わせるときは、見積書の内訳と、何に使うアプリなのかを具体的に伝えると話が早く進みます。
地元の制度の探し方
自治体の補助金は、市区町村のホームページの「産業」「商工」「中小企業支援」といったページにまとまっていることが多いです。地元の商工会議所・商工会や、各地のよろず支援拠点に聞くと、使えそうな制度をまとめて教えてもらえることもあります。
国の制度と自治体の制度は、同じ経費に重ねて使えないのが一般的です。併用を考える場合は、それぞれの公募要領で重複の扱いを確認してください。
補助金を使ってアプリを作るときの進め方と注意点
ここからは、実際に補助金を活用してアプリを作る場合の進め方を整理します。順番を間違えると補助の対象から外れてしまうことがあるため、全体の流れを先に頭に入れておきましょう。
まずGビズIDプライムを取得しておく
国の補助金の多くは電子申請で、GビズIDプライムというアカウントが必要です。申請方法によっては発行までに日数がかかる場合があるため、補助金を使う可能性があるなら早めに取っておくと安心です。
見積りは「申請用」として内訳を細かく出してもらう
補助金の審査や実績報告では、何にいくらかかるのかを経費の区分ごとに説明する必要があります。開発会社には、補助金の申請に使う見積りであることを最初に伝え、設計・開発・テスト・サーバーなどの内訳を分けて出してもらいましょう。
制度によっては、一定額以上の発注で複数社の見積り（相見積り）が求められることもあります。公募要領の該当箇所を開発会社とも共有しておくと、書類のやり直しが減ります。
交付決定から発注、完了報告までの流れ
一般的な流れは「申請 → 採択 → 交付申請 → 交付決定 → 発注・開発 → 支払い → 実績報告 → 確定検査 → 補助金の入金」です。発注や契約ができるのは交付決定の後で、開発もその後に始めることになります。
また、事業の実施期間内に開発と支払いを終える必要があります。アプリはストアの審査などで公開時期が読みにくいこともあるため、余裕をもったスケジュールを開発会社と組んでおきましょう。
採択を前提にしない計画を立てる
補助金は審査があり、申請すれば必ず採択されるものではありません。採択されなかった場合に、規模を縮めて自己資金で進めるのか、次回の公募を待つのかを、あらかじめ決めておくと判断に迷いません。
補助金の要件や経費の扱いは、公募回ごとに変わることがあります。最終的な判断は、必ず最新の公募要領と事務局の案内で確認し、必要に応じて商工会議所・商工会や認定経営革新等支援機関、税理士などの専門家にご相談ください。
よくある質問（FAQ）
IT導入補助金でアプリを作ってもらえると聞いたのですが？
現在のデジタル化・AI導入補助金（旧IT導入補助金）では、自社専用に一から作る受託開発は対象外です。対象は、事務局に登録された既製のソフトウェアやクラウドサービスの導入です。
「アプリが作れる」という案内を見かけた場合は、登録済みの既製品を導入する話なのか、受託開発の話なのかを必ず確認してください。
アプリ開発費の全額を補助してもらえますか？
全額が補助される制度はほとんどありません。補助率は2分の1や3分の2が一般的で、残りは自己負担です。
さらに原則は後払いなので、いったん全額を立て替える必要があります。資金繰りも含めて計画してください。
申請の前に開発を始めてもよいですか？
今回取り上げた制度はいずれも、交付決定前の発注・契約・支払いを対象外としています。補助金を使うつもりなら、交付決定の通知を受けてから発注するのが原則です。
打ち合わせや見積りの取得は事前に進めても問題ありませんが、契約書への署名や着手金の支払いは交付決定後にしてください。
iPhoneとAndroidの両方に対応する費用も対象になりますか？
補助の対象になるかどうかは、対応する端末の数ではなく、その費用が事業計画に必要で、公募要領の経費区分に当てはまるかで判断されます。両方に対応する理由を事業計画の中で説明できるようにしておきましょう。
Apple・Googleのストアの登録料やサーバー代など、開発費以外の費用の扱いは制度によって異なるため、個別に確認が必要です。
開発会社に申請を代行してもらえますか？
申請はあくまで補助金を受ける事業者自身が行うものです。開発会社は、見積書や技術的な説明資料の作成で協力するのが一般的です。
事業計画書の作成で支援を受けたい場合は、商工会議所・商工会や認定経営革新等支援機関に相談するとよいでしょう。
まとめ｜補助金は「事業計画にアプリが必要か」から考える
アプリ開発に使える補助金はありますが、制度ごとに受託開発の扱いが大きく異なります。デジタル化・AI導入補助金は登録された既製品の導入が対象で、自社専用のアプリを一から作る費用は対象外です。
受託開発の費用を計上できるのは、小規模事業者持続化補助金（ウェブサイト関連費として、補助額30万円まで）、中小企業省力化投資補助金（一般型）、新事業進出・ものづくり商業サービス補助金などです。地元の自治体にも、宇都宮市のように小規模事業者向けの制度があります。
どの制度でも、交付決定前に発注しないこと、原則後払いであること、採択は保証されないことは共通です。まずは「このアプリで事業の何を変えたいのか」を書き出し、それに合う制度があるかを最新の公募要領で確かめるところから始めましょう。
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代表の三田健司は全日本SEO協会認定SEOコンサルタントとして、Web制作とSEOで延べ1,000件以上の実績があります。補助金の採択をお約束することはできませんが、事業の目的に合った無理のない開発の規模を一緒に考えます。
料金の目安や開発の進め方はアプリ開発のページで公開しています。ご相談はお問い合わせフォームからお気軽にどうぞ。
記事執筆・株式会社アクセス・リンク 代表取締役
Webサイト制作歴10年以上の経験を元にSEOコンサルティングを行い、延べ1,000件以上のサポート実績を誇ります。個人事業主や中小企業向けのホームページ制作やSEOコンサルティングを得意としています。
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